Schon 1932 musste er den zu frühen Tod des Vaters betrauern. Dieses tragische Erleben und eine Schilddrüsenerkrankung in dieser Zeit machten ihm seine frühen Dienstjahre schwer, in denen er öffentliches Auftritten und das Unterrichten von Religion erlernen musste. Manches mal ging im Griesinger Klassenzimmer der Tatzenstecken zu Bruch, aber nur, weil Weber ihn aus Ärger auf den Tisch schlug.
Pfarrer Weber hatte sich in Griesingen kaum eingelebt, als das benachbarte Nasgenstadt schon 1936 keine ständige Pfarrbesetzung mehr bekam und dem Griesinger Pfarrer zugeschlagen wurde, wobei immer wieder ein Vikar zur Aushilfe eingesetzt wurde. Dennoch konnten manche Pfarrer sich in damaliger Zeit neben ihrer Seelsorgetätigkeit noch einer Liebhaberei widmen, wobei sie oft Pionierarbeit leisteten. Bei Pfarrer Weber war es das Interesse an der Obstbaumzucht, die er bei seinem Vater schon erlebt hatte, aber noch viel mehr die Neigung zu wissenschaftlich- historischen Studien.
Bis in unsere Zeit ist manchen Menschen in Griesingen Pfarrer Weber im Bewusstsein, und sie verbinden mit ihm Erinnerungen an andächtige Gottesdienste. Bekannt war er auch wegen seiner Wetterbeobachtungen. Drohte ein Unwetter, sprach er vom Fenster des Pfarrhauses aus den Wettersegen oder er betete in der Kirche. Mit einer gewissen Strenge erwartete er von den Menschen ein festes Glaubensleben. Möglicherweise wollte er damit gegen die Kirchenfeindlichkeit des NS-Staates, die sich Mitte der 1930er Jahre auch in Griesingen zeigte, ankämpfen.
So blieb Pfarrer Webers seelsorgerliches Wirken in Griesingen nicht ohne Anekdoten. In einer solchen erzählte man sich, dass winters der Kälte wegen das Beichten in der Sakristei stattfand, denn dort stand ein Ofen, den der Pfarrer selber beheizte. Als eines Tages ein Beichtender seine Sünden vortrug, bemerkte der Pfarrer, dass er Holz nachlegen musste, wenn das Feuer nicht ausgehen sollte. Als er zu diesem Zweck aufstand, stockte der Redefluss des Sünders, doch Pfarrer Weber sagte ganz gelassen: „Red’ no weiter, i hör dui Böck scho! “ Ein anderes Mal ging über Griesingen ein starkes Gewitter nieder, als ein Nasgenstadter Bauer auf seinem Heimweg an der Griesinger Kirche vorbeiging und darin Schutz vor Regen und Blitzschlag suchte. Als er im Eingangsbereich der Kirche stand und sein vom Regen nasses Gesicht abgewischt hatte, bemerkte er in der halbdunklen Kirche, dass der Pfarrer im Chorrock auf den Stufen des Altars kniete und für gedeihliches Wetter sowie um Schutz vor Blitz und Hagel betete. Nach kurzem Überlegen fasste der Bauer den Mut, ging leise und still vor zum Altar, stupfte sachte den Pfarrer an der Schulter und flüsterte ihm ins Ohr: „Herr Pfarrer, betet Se doch au für dui Nasgastadter Flura“!
Wieder erkrankte der Pfarrer an der Schilddrüse, so dass eine Operation in Ulm erforderlich wurde. 1940 musste er zur Musterung antreten, aber eine Einberufung erfolgte nicht. Dennoch machten ihm mit zunehmender Dauer des Dritten Reiches die Vertreter des NS-Regimes Probleme. So musste er sich um die Sießener Schwestern kümmern, die in Griesingen in einer kleinen Gemeinschaft lebten, ambulante Krankenpflege verrichteten und Unterricht in Hauswirtschaft gaben. Jetzt drängte die NSDAP sie aus dieser Arbeit, und da sie auch ihr Haus verlassen mussten, nahm Pfarrer Weber sie im Pfarrhaus auf.
Angesichts zunehmender Luftangriffe auf deutsche Städte durch die Alliierten wurde das Ehinger Stadtarchiv gegen Ende des 2. Weltkrieges ins Griesinger Pfarrhaus verlegt. Dadurch erhielt Webers Interesse an historischen Studien einen weiteren Impuls, so dass er nebenbei zum Chronisten der Stadt Ehingen wurde. Dies führte dazu, dass er nach dem Krieg Vorträge beim Ehinger Heimat- und Altertumsverein hielt und ständiger wissenschaftlicher Mitarbeiter bei der Zeitschrift „Ulm und Oberschwaben“ wurde.
Größere Probleme mit den NS-Stellen bekam er Ende 1944, als er sich öffentlich kritisch über den exzessiven NS-Führerkult aussprach. Ein Denunziant zeigte ihn an, doch bevor dieser die Anzeige unterschrieben hatte, verstarb er. Vermutlich ersparte ihm dieser Zufall schwerwiegendere Folgen, doch leichter wurde es für Pfarrer Weber nicht. Da konnte er sich auch nach der Kapitulation nicht völlig befreit fühlen. Zu schwer wogen die Belastungen in den Kriegsjahren, vielleicht auch für seinen Bruder Josef, der nach dem Krieg als Ordensbruder Konrad ins Benediktinerkloster Neresheim eintrat.
Nach neun Jahren Seelsorgearbeit in Griesingen und Nasgenstadt bemühte er sich 1944 um die Pfarrstelle in Rißtissen. Neben einem bei Pfarrern üblichen Stellenwechsel wollte er im Umfeld des Barons von Stauffenberg und dem Rißtissener Schloss mit seinem historischen Hintergrund arbeiten. Aber ein Wechsel wurde ihm nicht gewährt, die Bischofsverwaltung beließ ihn in Griesingen. Ja, er wollte sogar neben einer kleineren Pfarrstelle ein Weiterstudium beantragen und ergreifen, doch auch das bekam er nicht gestattet. Der Bischof wollte seine Seelsorger in den Gemeinden behalten, weil er nach dem Krieg viel Not sah, da er doch selber während des Krieges im Exil leben musste.
Also befasste sich Pfarrer Weber von Griesingen aus weiterhin mit seinen stadthistorischen Studien. Vielleicht wollte der 1943 verstorbene Dr. Krieg selber, dass Weber diese Arbeit übernimmt, und vielleicht wusste dieser, dass eine solche Arbeit bei seinem Kollegen in guten Händen lag. Bestimmt kannten sich die beiden, mindestens seit Weber in Obermarchtal war, also seit 1930. Zwar lag vom Alter her eine Generation zwischen ihnen, aber eine heimatliche Verbundenheit war gegeben, denn ihre beiden Geburtsorte liegen nur sechs Kilometer Luftlinie auseinander. Jedenfalls forschte Weber weiter an der Heimatgeschichte, und diese flossen in das Ehinger Geschichtsbuch mit ein.
Schon 1947 verfasste er für das „Ehinger Jahrbuch“ einen 27-seitigen „Gang durch die Ehinger Geschichte“. Dabei übernahm er die heimatkundlichen Forschungen von Konvikts- und Oberstudiendirektor Dr. Bernhard Krieg, konnte diese fortsetzen und damit der Stadt die Herausgabe des Ehinger Heimatbuches im Jahre 1955 ermöglichen. Folgerichtig widmete er diese Herausgabe dann auch dem Andenken an Dr. Bernhard Krieg. Anlässlich dieser Buchveröffentlichung wirkte er als Sprecher bei einer Rundfunksendung zur Bucherscheinung mit. Mit gewissem Stolz erinnern sich manche Griesinger noch an diese Sendung.
Mit der Herausgabe dieses Buches war seine Lust an historisch- theologischer Forschung nicht beendet. Vielleicht trieb es ihn jetzt erst recht zu solcher Tätigkeit. Er nahm sich des mystischen Reformers Caspar Schwenckfeld an, der bei den Freybergischen Herrschaften Justingen und Öpfingen im 16. Jahrhundert Aufnahme fand und von hier aus seine reformatorischen Aktivitäten betreiben konnte. Aus dieser Arbeit heraus entstand eine Dissertation, die Weber bei der Universität Freiburg einreichte, woraufhin er 1959 zum Dr. theol. promoviert wurde. Diese Arbeit erschien im Band 36 der „Mitteilungen des Vereins für Kunst und Altertum in Ulm und Oberschwaben“. Dazu nahm er wegen des bevorstehenden Rigorosums bei der Promotionsprüfung mit seinem geistlichen Amtsbruder, seinem damaligen Rottenburger Bischof Carl Joseph Leiprecht Kontakt auf und bat ihn mit „lieber Carolus“ um Ratschläge und ein Zeugnis.
Nach dieser akademischen Ehrung beantragte Weber im Oktober 1960 eine zehntägige Reise nach Rom und bat erfolgreich um Genehmigung und Dienstbefreiung. Zwei Jahre später erkrankte er. Wie schon viele Jahre zuvor bekam er immer wieder Probleme mit einer Schilddrüsenerkrankung. Schließlich musste er 1964 wieder ein ärztliches Zeugnis bei der Bischofsverwaltung einreichen, ausgestellt vom Ehinger Arzt Dr. Straub. Franz Michael Weber verstarb dennoch rasch und unerwartet am 20. Februar 1965. Er wurde auf dem Friedhof von Griesingen an der Südwand der Pfarrkirche St. Leodegar begraben.
Fast 60 Jahre sind nun seit der Herausgabe dieses Buches vergangen, während denen viele Menschen das Buch gelesen und mit ihm gearbeitet haben. Manche von ihnen haben dabei erkannt, dass es bei einigen Themen und etlichen Stellen überarbeitet und korrigiert sowie um die Geschichte seit dem 1. Weltkrieg ergänzt werden müsste, also die Zeit der Weimarer Republik und des Dritten Reiches mit seiner nationalsozialistischen Terrorherrschaft. Das konnte Weber in den wenigen Jahren von Kriegsende bis 1955 allein nicht schaffen. Diese Aufarbeitung wurde auch in anderen Städten, wenn überhaupt, ebenfalls erst später erreicht. Selbst in Ehingen ist dies auch nach der Herausgabe eines weiteren Geschichtsbuches im Jahre 2002 mit Titel „Ehingen aber war merkwürdig“ immer noch eine Zukunftsaufgabe.
Gewiss hatte Weber viele Vorarbeiten von Dr. Bernhard Krieg übernehmen können. Doch auch dieser konnte mit seinen Kirchenbeschreibungen auf Veröffentlichungen von Joseph Hehle über St. Blasius und die Liebfrauenkirche zurückgreifen, ebenso auf den Ehinger Amtsgerichtsdirektor August Breucha, der sich neben seinem Beruf für die Konviktskirche interessierte und über sie geschrieben hatte, wobei auch dieser dafür die Unterstützung von Joseph Hehle bekam. Weber konnte die Forschungen von Joseph Hehle über die Grafen von Berg, das frühe Schulwesen in Ehingen, die Zeit des 30 jährigen Kriegs, den Brand von 1688, den Spanischen Erbfolgekrieg 1702—1707, die beiden Franziskanerklöster, den Platz der Stadtpfarrkirche, die Familie der Winckelhofer, Jakob Locher, den Urspringer Hof und dergleichen mehr übernehmen. Ferner konnte Weber auf Forschungen von Johann Vanotti zurückgreifen. Dieser hatte schon um 1820 eine „Geschichte der Oberamtsstadt Ehingen“ und eine Beschreibung des Dekanatsbezirkes verfasst, die in die Oberamtsbeschreibung von 1826 eingegangen ist. Vanotti hatte auch über die Römer in der Ehinger Gegend geforscht, die Weber zugute kamen.
Doch Pfarrer Franz Michael Weber wurde zum zusammenfassenden und systematischen Chronisten der Stadtgeschichte bis zum 1. Weltkrieg. Darin besteht sein Verdienst für die Stadt Ehingen und deren Umgebung.
